A Fenacef possui dois importantes órgãos de decisão e fiscalização: o Conselho Deliberativo e o Conselho Fiscal. O Conselho Deliberativo é responsável por definir as políticas e estratégias da Federação, enquanto o Conselho Fiscal tem a função de fiscalizar a gestão financeira e patrimonial da Diretoria, garantindo transparência e eficiência na administração dos recursos da Fenacef. Juntos, esses dois conselhos garantem a participação ativa dos associados na gestão da Federação.